• กำกับดูแลภาคกลางและภาคตะวันออก • กองกลาง • กองการเจ้าหน้าที่ • กองคลัง • กองสารนิเทศ • ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร • สถาบันดำรงราชานุภาพ • สำนักนโยบายและแผน (ยกเว้น 3 กลุ่มงานที่เป็นกลุ่มภารกิจ) • กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร • ศูนย์ปฏิบัติการต่อต้านการทุจริต สป.มท. • กลุ่มยุทธศาสตร์การเปลี่ยนแปลง มท. • กองการต่างประเทศ   ◦ กลุ่มงานกิจการต่างประเทศ   ◦ กลุ่มงานอาเซียน   ◦ ฝ่ายบริหารงานทั่วไป • สำนักพัฒนาและส่งเสริมการบริหารราชการจังหวัด (ยกเว้นกลุ่มงานยุทธศาสตร์การพัฒนาภาคใต้ ภาคใต้ชายแดน ภาคเหนือ และภาคตะวันออกเฉียงเหนือ)